この事業の募集は、1年に2〜3回に分かれます。令和8年度は1次が5月20日に始まり、2次は7月31日から9月4日(17時必着)まででした。どちらも終わっています。
水産加工連携プラン支援事業は、漁業者や加工業者や流通業者が「連携協議会」を作り、その計画に沿った取組の費用を助成する国の事業です。協議会の運営やコンサルの費用は、定額で最大400万円です。応募できるのは1社単独ではなく、2者以上で組む連携協議会だけです。次の募集に出すなら、協議会づくりは募集の前に始める必要があります。
水産加工連携プラン支援事業の要点まとめ
正式名：水産加工連携プラン支援事業
だれが
- 申請者
- 漁業者・水産加工業者・流通業者などで組む連携協議会
- 対象業種
- 水産業（漁業・養殖業・加工・流通・販売）
- 利用目的
- 原材料転換・新商品開発・生産性向上・人手不足対策
- 対象地域
- 全国
- 従業員数
- 公式ページに記載なし
いくら
- 補助上限額
- 協議会経費は定額で上限400万円（機器等は上限の記載なし）
- 補助率
- 協議会経費は定額／機器・試作などは1/2以内
いつ・どこへ
- 申請受付
- 2026年5月20日〜2026年9月4日（令和8年度は1次・2次とも終了）
- 事業の完了
- 交付決定日から2027年2月26日まで（令和8年度2次）
自社の協議会は対象になる？
次のすべてに当てはまれば、対象の見込みです。
当てはまるものにチェックを入れてください。0 / 6
次のどれかに当たると対象外です。
- ✕ 事業者1社だけで応募する
- ✕ 他の補助事業で支援を受ける取組
- ✕ すでに自力で実施・完了した取組
構成員は、次の事業者かその団体です。漁業者・養殖業者などの生産段階、水産加工・倉庫・卸売・物流などの加工・流通段階、小売・外食などの販売段階があります。金融機関・自治体・研究機関も構成員になれます。ただし、加工・流通段階の事業者は必ず1者以上入れます。
代表機関は、協議会の管理運営と事業後の成果報告までを担います。取得した機器の所有権は、それを買った構成員のものです。代表機関には帰属しません。
審査で考慮されるのは2つの場合です。小規模企業者に当たる水産加工業者が構成員にいる場合と、直近1年に自然災害の被害を受けて市町村長の証明がある加工業者がいる場合です。証明の取得には時間がかかるので、早めに市町村へ相談してください。
いくら助成される？
助成は2つの区分に分かれます。上限400万円が付くのは、協議会の運営とコンサルの費用だけです。
- 連携体制づくり・調査・コンサル費：定額（上限400万円）
- 市場調査・試作・機器の購入などの事業費：対象経費の1/2以内
計算例です。
- 調査とコンサルで300万円かかる：定額のため300万円 → 上限内で全額
- 調査とコンサルで500万円かかる：500万円 → 上限の400万円
- 冷凍・冷蔵機器を購入して600万円：600万円 × 1/2 ＝ 300万円
- 新商品の試作と原材料で80万円：80万円 × 1/2 ＝ 40万円
「以内」とあるので、率の上限より少なくなることがあります。事業費の区分に、上限額の記載は見つかりませんでした。
助成金は、事業が終わってからの精算払いです。いったん全額を自社で立て替える必要があります。
何に使える？
対象にならないもの
- 他の補助事業で、すでに支援を受けている取組の経費
- 自力で実施済み・完了済みの取組の経費
- 施設整備・用地取得・借地料・補償の経費
- 交付決定より前に、発注・購入・契約した経費
- 月極の給与・賞与・退職金などの手当
- パソコンやデジカメなど、事業後も使える汎用品
- 領収書や請求書で証明できない経費
- 事業期間中の事故や災害のための経費
対象になるもの
- 連携体制づくりと、事業計画の検討・調査の経費
- 経営指導などのコンサルティング費
- 市場調査・商談・プロモーション資材・研修の経費
- 冷蔵庫の保管料、入出庫料
- 新商品の開発・試作の加工経費と原材料費
- 販売などの電子システムの導入費、物流の改善費
- 水産物の加工・集出荷・貯蔵に必要な機器と資材の購入費
取組は、公式ページで4つに分類されています。原材料の転換、先端技術による生産性向上、流通の効率化や自動化による人手不足対策、そのほか持続可能な水産加工流通に役立つ取組です。
過去の事例は、水産庁の「水産バリューチェーン構築の取組優良モデル集」で見られます。公式ページは、応募前に過去事例を調べておくよう求めています。
申請の流れは？
以下は、令和8年度2次募集のものです。
- 連携協議会を作る（事業者。規約・代表機関・主たる事務所を定める）
- 応募前に相談する（協議会→機構。正式な提出前の相談を受け付けています）
- 課題提案書を出す（代表機関→機構。郵送が基本で、メールは事前連絡が要る。2次は9月4日17時必着）
- 審査を受ける（機構の審査委員会。必要なら協議会が出席して説明）
- 交付候補者に選ばれる（水産庁長官の承認後に通知。2次の交付決定は10月下旬〜11月上旬の見込み）
- 交付決定を受けてから発注・実施する（協議会。決定前の発注は対象外）
- 事業を終える（2027年2月26日まで。機器の発注から納入・支払いまで）
- 実績報告を出す（代表機関→機構。確定した額を精算払い）
候補者への通知は、助成金の交付が決まったという意味ではありません。交付は、別の手続きを経て正式に決まります。課題提案書は、提出後に変更できません。
必要な書類
準備できた 0 / 9
機器や資材（加工機器や冷凍・冷蔵機器など）の購入費を申請するときは、導入する構成員の直近3年分の財務資料も要ります。借入を予定する場合は、金融機関名と金額と償還年数が分かる資料も添えます。設置予定場所の位置図も要ります。
取組概要の説明資料は任意です。審査基準のうち15〜19番の項目に当たる場合は、その根拠資料も出します。
助成金を返すことになるのはどんなとき？
- 交付決定の前に発注した：決定通知より前に発注した経費は、交付の対象になりません。
- 取組が続いていない：支援が終わったあとも継続すると見込んで採択されます。続いていないと判断されると、一部または全部の返還を求められます。
- 成果目標の達成率が50％未満：計画の成果目標が半分を下回り、改善の見込みもない場合は返還の対象です。
- 虚偽の記述があった：交付決定が取り消され、年10.95％の加算金をつけて返還します。
- 50万円以上の機器を無断で処分した：処分制限の期間中に目的外の使用や譲渡をするには、先に機構の承認が要ります。
次の募集に備える
令和8年度の応募は終わっています。令和9年度の募集時期は、公式ページに記載がありません。
過去3年の最初の募集は、令和6年度が4月26日、令和7年度が5月2日、令和8年度が5月20日に始まっています。令和7年度は3次まで、令和6年度と8年度は2次までありました。これは過去の実績で、次の年度も同じとは限りません。
準備できることは3つあります。協議会の構成員を決めること、規約と経理規程を作ること、機器の候補を絞ることです。機構のアドバイザーに、応募前に状況を相談する窓口もあります。アドバイザーは客観的な助言をするだけで、採択を保証するものではありません。
よくある質問
水産加工連携プラン支援事業に、応募できる期間はありますか？
令和8年度は、1次が6月26日付で募集終了と告知され、2次は9月4日（17時必着）に締め切られました。公式ページのお知らせ欄には、9月25日付で助成金交付候補者の公表も載っています。令和9年度の募集時期は、公式ページに記載がありません。機構のお知らせ欄に募集開始が出るため、年度初めから確かめてください。過去には4月下旬から5月に始まっています。
加工業者1社だけで応募できますか？
できません。連携協議会は、水産加工業者等が、ほかの水産加工業者等や金融機関や自治体や研究機関などと2者以上で組む決まりです。しかも加工・流通段階の事業者が含まれていなければなりません。仕入れ先の漁業者や販売先の流通業者に声をかけて、協議会を組むところから始めてください。
補助上限額の400万円は、事業全体の上限ですか？
公式ページでは、上限400万円は「連携協議会助成経費」の区分にかかっています。連携体制づくり・調査と、経営指導などのコンサル費です。市場調査や試作や機器購入などの事業費は別の区分で、補助率は1/2以内です。この区分に上限額の記載は、募集要領にも公式ページにもありません。経費内訳書の記載例には、機器の購入に3,000万円かかる行に助成金1,500万円と書いた例があります。あくまで書き方の例で、上限額の保証ではありません。事業全体の上限は、機構に確かめてください。
機器の購入にも使えますか？
使えます。水産物の処理・加工機器、冷凍・冷蔵・貯蔵機器、衛生管理機器、包装用機器、パレットなどの購入費が対象です。集出荷や販売のための選別機器や検査機器や鮮度保持容器も入ります。補助率は1/2以内です。パソコンやデジカメなど、事業後も使える汎用品は対象外です。購入には、財務資料などの追加書類も要ります。
新商品の試作にかかる原材料費も対象ですか？
対象です。新商品の開発や試作にかかる加工経費と、試作のための原材料費が助成対象です。補助率は1/2以内です。資源状態の良い魚種への転換や低・未利用魚を使う新商品づくりは、公式ページが取組の例に挙げています。対象は試作に要する原材料費です。それ以外の用途の原材料が含まれる場合は、機構に確かめてください。
交付決定の前に発注した機器は、助成されますか？
されません。交付決定を通知する前に発注・購入・契約をした経費は、助成の対象外です。令和8年度2次の交付決定は、10月下旬から11月上旬の見込みとされていました。決定前に動くと、その費用は自己負担になります。機器の納入が遅れそうなときは遅延届出書を出します。やむを得ない事情と認められれば、翌年度への繰越もできます。
助成金は、いつ受け取れますか？
助成金は原則として、事業が終わってからの精算払いです。事業が終わったあとに実績報告書を出し、その内容で支払額が確定します。支払額は、交付決定額の範囲で実際に支出したと認められた費用の合計です。支出の帳簿と領収書が必要で、審査で対象外になる支出もあります。支払日の目安は、募集要領に記載がありませんでした。
人件費は対象になりますか？
雇用した人に払う経費のうち、労働時間と日数に応じた対価は対象になり得ます。月極の給与や賞与や退職金などの手当は対象外です。人件費を申請するときは、従事者ごとの業務日誌や作業日報が要ります。他の補助事業と時間が重ならないよう、書き分けます。人件費の算定は、機構の「適正化」の資料に従う決まりです。
小規模な加工業者が入っていると有利ですか？
審査で「考慮する」とされています。小規模企業者に当たる水産加工業者が構成員にいる場合と、直近1年の自然災害で被害を受け市町村長の証明を受けた加工業者がいる場合です。ただし考慮のされ方は、公式ページに記載がありません。有利になると決めつけず、取組の中身で勝負する前提で計画してください。
採択されたあと、どんな報告が必要ですか？
事業の進み具合と助成金の使い方を、年度の途中で報告する必要があります。事業が終わったあとは、成果と使用結果の報告を求められます。機構が、担当者によるフォローアップや実地調査を行うこともあります。成果は、農林水産省や機構が無償で活用でき、公表される場合があります。
相談先はどこですか？
水産物安定供給推進機構（担当：向井さん、橋本さん）が窓口です。電話は03-3254-7044で、月曜から金曜（祝日を除く）の正午から13時を除く9時30分から17時までです。応募内容の相談は、正式な提出の前にできます。水産加工の課題全般の相談窓口では、アドバイザーの派遣も案内されています。
同じ機構の、ほかの事業との違いは何ですか？
機構のページには、水産物輸出加速化連携推進事業など別の事業が並んでいます。この記事は、水産加工連携プラン支援事業だけを扱います。別の事業は、目的や対象が違います。名前が似ていても募集要領は事業ごとに分かれています。応募前に、その事業のページで要件を確かめてください。
