【東京都】最大3500万円！医療機関サイバー対策補助金の内容と申請のコツ

電子カルテを狙うサイバー攻撃は、いまや大病院だけの話ではありません。東京都は、電子カルテを導入した病院・診療所のサイバーセキュリティ対策費を、病床規模に応じて最大3,500万円まで補助します。

対象は、電子カルテシステムを導入し、診療情報の共有・連携に取り組む都内の病院・診療所です。補助率は1/2で、対象経費は機器の購入・設置費用に限られます。

東京都医療機関診療情報サイバーセキュリティ対策支援事業の要点まとめ

対象になる医療機関

対象は、次の条件を満たす病院・医科診療所です。

• 電子カルテシステムを導入していること
• 地域における診療情報の共有・連携の取組を行っていること

一方で、国・地方公共団体・独立行政法人が開設する医療機関や、過去にこの補助金を受けたことがある医療機関は対象外です。すでに一度対策を終えた施設への重複支給は想定されていません。

対象になる経費

対象経費は、電子カルテシステムの運用にかかわるサイバーセキュリティ対策機器の購入・設置費用に限られます。

• リモートゲートウェイ装置
• オフラインバックアップ用サーバ
• エンドポイントセキュリティ製品 等

作業費・維持管理費・汎用機器の費用は対象になりません。機器そのものの購入・設置費に絞られている点が、この補助金の特徴です。

病床規模別の補助上限額

補助率はどの規模でも1/2ですが、上限額（基準額）は病床数で分かれます。

診療所であっても375万円〜437.5万円の上限があり、決して大病院だけの制度ではありません。

申請のタイミング

申請受付は2回に分かれます。第1回は令和8年6月30日締切、第2回は令和8年9月11日締切です。第1回にすでに間に合わない場合でも、第2回で申請できますが、予算の状況によって第2回の枠が絞られる可能性があります。

機器の選定・見積もりには時間がかかるため、対策が必要な機器を洗い出すところから早めに着手しておきましょう。

よくある質問

クリニック（無床診療所）でも対象になりますか？

なります。無床診療所の上限額は375万円、有床診療所は437.5万円です。補助率はどちらも1/2です。

ソフトウェアの保守費用も対象になりますか？

なりません。対象は機器の購入・設置費用に限られ、作業費・維持管理費・汎用機器の費用は対象外です。

第1回に申請できなかった場合はどうなりますか？

第2回（令和8年9月11日締切）に申請できます。ただし予算の残額によっては枠が絞られる可能性があるため、早めの準備をおすすめします。

免責事項: 本記事の内容は2026年8月時点で確認できた情報にもとづきます。補助上限額・補助率・対象要件・受付状況は変更される場合があるため、申請前に必ず東京都保健医療局の公式ページで最新の内容をご確認ください。

出典（一次情報）

• 東京都保健医療局「令和8年度医療機関診療情報サイバーセキュリティ対策支援事業」
• Jグランツ「令和8年度医療機関診療情報サイバーセキュリティ対策支援事業」