レセコンの改修費用は、医療機関がすべて自己負担しなければならないのか——実は違います。国の補助制度に東京都が上乗せする仕組みがあり、条件を満たせば負担を抑えられます。ただし、東京都への申請より前に、国（基金）から交付決定を受けていることが前提です。順番を間違えると、都の補助は受けられません。
医療機関等におけるマイナンバーカード利活用推進事業補助金の要点まとめ
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 申請者 | 事業者（医療機関・薬局の開設者） |
| 制度名 | 医療DX推進に向けた医療機関等におけるマイナンバーカード利活用推進事業補助金（令和8年度） |
| 対象業種 | 医療業（病院・診療所・薬局） |
| 利用目的 | システム導入（マイナンバーカードを医療費助成の受給者証として利用するためのレセコン改修） |
| 対象地域 | 都内に開設している保険医療機関等 |
| 従業員数 | 規定なし（施設単位で申請） |
| 補助上限額 | 病院＝14.1万円（56.6万円を上限に算定した額の4分の1）／診療所・薬局＝1.8万円（7.3万円を上限に算定した額の4分の1） |
| 補助率 | 4分の1（都の上乗せ分） |
| 申請受付 | 東京都への申請期限＝令和9年2月26日（国への申請期限は令和8年9月30日） |
| 公式サイト | 東京都マイナンバーカード利活用推進事業事務局「医療DX推進に向けた医療機関等におけるマイナンバーカード利活用推進事業」 |
国への申請が先、都への申請はあと
この補助金は、東京都が単独で出しているものではありません。国（基金）の補助額に、東京都が上乗せする「上乗せ補助」という位置づけです。手順は次の順になります。
- 公費負担医療・地方単独医療費助成のオンライン資格確認に対応するレセコン改修を行う
- 国（基金）へ補助金を申請し、交付決定通知書を受け取る（令和8年9月30日期限）
- GビズID（プライムまたはメンバー）を取得する
- 東京都へ補助金を申請する（令和9年2月26日期限）
国からの交付決定通知書を受け取っていないと、東京都への申請そのものができません。「先に都に申請して、あとから国の手続きをする」という順番は成立しない点に注意が必要です。
対象になる／ならないの線引き
| 区分 | 内容 |
|---|---|
| 対象になる | 都内に開設し、医療保険のオンライン資格確認ができる体制で、公費負担医療のオンライン資格確認に対応するレセコン改修を完了した病院・診療所・薬局 |
| 対象にならない | オンライン資格確認体制が未整備の施設、国の交付決定通知書を受けていない施設 |
補助上限額は施設の種類で分かれます。病院は14.1万円、診療所・薬局は1.8万円と、同じ制度でも施設の種類で上限額が8倍近く違います。自院がどちらの区分かで、見込める補助額が変わります。
よく誤解されるポイント
この制度は以前「こどもDX推進に向けた医療機関等におけるマイナンバーカード利活用推進事業」という名称で、令和6年度・令和7年度に実施されていました。令和8年度からは「医療DX推進」という名称に変わっており、旧名称で検索すると現在の申請サイトにたどり着けません。 過去年度の実施サイト（pmh-hojokin2024・pmh-hojokin2025）は今年度の申請窓口ではないため、必ず令和8年度版（pmh-hojokin2026）を確認してください。
必要書類にも注意が必要です。作成書類（補助金申請額算出表・委任状）に加えて、国へ提出済みの領収書の写し・領収書内訳書の写し・チェックシートの写し、国の交付決定通知書の写しが必要です。国への提出書類を都への申請でも使い回すため、控えを保管しておく必要があります。
よくある質問
国の補助金を申請していなくても、東京都の補助金だけ申請できますか？
できません。国（基金）から交付決定通知書を受け取っていることが東京都への申請の前提条件です。
病院と診療所で補助上限額が違うのはなぜですか？
公式ページには施設区分ごとの算定基準額（病院56.6万円、診療所・薬局7.3万円）が示されているだけで、金額差の理由についての記載はありません（東京都マイナンバーカード利活用推進事業事務局へお問い合わせください）。
申請にはGビズIDが必要ですか？
必要です。電子申請システムjGrantsを使うため、GビズIDプライムまたはGビズIDメンバーの取得が必要です。発行に2〜3週間程度かかるため、余裕を持って準備してください。
