医療費助成の受給者証をマイナンバーカードで確認できるようにする——このシステム改修には、国の補助金が用意されていますが、それだけでは医療機関の自己負担がゼロにはなりません。東京都は、その自己負担部分にさらに上乗せする形で独自の補助を用意しています。都内で開業する病院・診療所・薬局にとって、システム改修費用の負担を抑える手段の一つです。
対象は都内の保険医療機関等で、医療保険のオンライン資格確認を実施できる体制を整え、公費負担医療や地方単独医療費助成のオンライン資格確認に対応するレセプトコンピューター改修を行い、国（社会保険診療報酬支払基金）から補助金の交付決定を受けていることが前提です。都の補助率は4分の1で、上限は病院14.1万円、診療所・薬局1.8万円です。
マイナンバーカード利活用推進事業補助金の要点まとめ
正式名：医療機関等におけるマイナンバーカード利活用推進事業補助金
だれが
- 申請者
- 事業者（医療機関・薬局）
- 対象業種
- 医療、福祉（保険医療機関・薬局）
- 利用目的
- DX・IT導入（レセプトコンピューター改修）
- 対象地域
- 東京都内
- 従業員数
- 規定なし（都内の保険医療機関等が対象）
いくら
- 補助上限額
- 病院14.1万円／診療所・薬局1.8万円
- 補助率
- 4分の1
いつ・どこへ
- 申請受付
- 東京都への申請期限: 令和9年2月26日（国への申請期限は令和8年9月30日）
国の補助に「上乗せ」する構造。単独では申請できない
この補助金は、国（社会保険診療報酬支払基金）の補助金交付決定を受けていることが東京都への申請の前提条件です。国の補助だけでシステム改修費用の全額がまかなえるわけではなく、その自己負担分に対して都がさらに上乗せする仕組みになっています。国への申請を経ずに、都へ直接申請することはできません。
国庫補助の上限は病院56.6万円、診療所・薬局7.3万円とされており、都の補助上限（病院14.1万円、診療所・薬局1.8万円）は、この国庫補助額に対して4分の1の補助率を適用した金額です。
手続きの順番を間違えると対象外になる
申請の流れは次の4段階です。
- レセプトコンピューターの改修（国申請前に完了させる必要あり）
- 国（支払基金）への補助金申請（期限: 令和8年9月30日）
- GビズIDの取得（プライムまたはメンバー。取得に2〜3週間かかる）
- 東京都への補助金申請（期限: 令和9年2月26日）
国への申請期限（令和8年9月30日）は、東京都への申請期限（令和9年2月26日）より約5か月も早く設定されています。都の期限だけを見て後回しにしていると、国への申請期限を過ぎてしまい、都の補助も受けられなくなる点に注意が必要です。
GビズID取得は早めに動く
東京都への申請はJグランツで行うため、GビズIDプライムまたはGビズIDメンバーが必要です。取得には2〜3週間かかるため、レセプトコンピューターの改修を終えたタイミングで、並行してGビズIDの取得手続きを進めておくと、申請全体がスムーズになります。
よくある質問
すでにオンライン資格確認の体制を整えていない場合はどうなりますか？
医療保険のオンライン資格確認を実施できる体制が整っていることが前提条件です。まだ整備していない場合は、そちらの準備から始める必要があります。
病院と診療所で上限額が大きく違うのはなぜですか？
国庫補助の上限額自体が、病院（56.6万円）と診療所・薬局（7.3万円）で規模に応じて異なるためです。都の補助はその一定割合（4分の1）を上乗せする仕組みなので、上限額にも差が出ます。
領収書はいつの分が必要ですか？
システム改修にかかった費用の領収書、補助金申請額算出表、チェックシート、国の交付決定通知書などが申請時に必要です。詳細は事務局（0120-979-850）に確認してください。
