医療費控除はいくらから？10万円の壁と5%ルール

「1年間の医療費が10万円を超えないと医療費控除は使えない」。多くの人がそう覚えていますが、これは半分しか正しくありません。

国税庁の定めでは、差し引く金額は「10万円」と「総所得金額等の5%」のうち低いほうです。総所得金額等が200万円未満の人は、10万円ではなく5%が基準になります。総所得金額等が150万円なら7万5,000円、100万円なら5万円。パート勤務や年金生活で所得が200万円に届かない方は、医療費が10万円に達していなくても控除を受けられます。

さらに、医療費は生計を一にする家族の分をまとめて合算できます。本人だけで見れば5万円でも、配偶者と子どもと親の分を足せば12万円になる、というケースは珍しくありません。

この記事では「自分はいくらから使えるのか」を判断できるところまで整理します。申告の具体的な手順は医療費控除のやり方、期限とさかのぼりの話は医療費控除はいつまでにまとめています。

医療費控除の要点まとめ

そもそも医療費控除は「戻ってくる金額」ではありません

ここを誤解したまま計算すると、期待と実際が大きくずれます。

医療費控除の額は、税金の還付額ではなく「課税される所得から差し引く金額」です。10万円の医療費控除を受けたからといって10万円が戻ってくるわけではありません。戻るのは、その10万円に自分の所得税率をかけた分です。

国税庁の所得税の速算表では、課税される所得金額に応じて税率が決まります。

つまり医療費控除額が10万円のとき、所得税の還付は税率5%の人で約5,000円、20%の人で約2万円です。ここに復興特別所得税（基準所得税額の2.1%）が加わります。

加えて、翌年度の住民税も下がります。 個人住民税の所得割の標準税率は市町村民税6%・道府県民税4%の合計10%です。医療費控除額10万円なら、住民税は1万円ほど軽くなる計算になります。住民税は前年の所得に対して翌年度に課税される仕組みなので、この効果は申告した年の6月からの住民税に表れます。

所得税の還付と住民税の軽減を合わせると、控除額の15〜35%程度が手元に残ると考えると実感に近くなります。

【基準1】10万円の壁 — 総所得金額等が200万円以上の人

給与収入だけの会社員で、年収がおおむね312万円を超えると総所得金額等は200万円以上になります（給与所得控除を差し引いた後の金額で判定するため、収入と所得を混同しないでください）。この層は原則どおり10万円が基準です。

計算式はこうなります。

医療費控除額 =（1年間に支払った医療費の合計 − 保険金などで補填される金額）− 10万円

• 年間の医療費が9万円だった … 控除額は0円。申告しても税金は変わりません
• 年間の医療費が18万円で、保険金が3万円出た … （18万円 − 3万円）− 10万円 = 5万円が控除額
• 年間の医療費が60万円で、高額療養費が20万円戻った … （60万円 − 20万円）− 10万円 = 30万円が控除額

保険金の差し引きには重要なルールがあります。国税庁は「保険金で補てんされる金額は、その給付の目的となった医療費の金額を限度として差し引く」としています。引ききれなかった分を、他の医療費から差し引く必要はありません。

例えば入院費20万円に対して入院給付金が30万円出た場合、差し引くのは20万円までです。余った10万円を、別に払った通院費や歯科治療費から引く必要はありません。ここを誤って全額差し引くと、控除額を過少に申告してしまいます。

【基準2】5%ルール — 総所得金額等が200万円未満の人

総所得金額等が200万円未満なら、差し引くのは10万円ではなく総所得金額等の5%です。

この基準に当てはまりやすいのは次のような方です。

• パート・アルバイトで働いている方。給与収入が年200万円なら、給与所得控除を差し引いた総所得金額等は132万円程度になり、5%＝約6万6,000円が基準になります
• 年金だけで生活している方。公的年金等控除を差し引いた後の雑所得で判定します
• 年の途中で退職して、その年の所得が少なかった方
• 個人事業主で、必要経費を差し引いた所得が200万円に届かなかった年

ただし注意があります。所得が少ないほど、納めている所得税も少ないという点です。医療費控除は「納めた税金を返してもらう」制度なので、そもそも所得税を1円も納めていない人が申告しても、所得税の還付は生じません。

とはいえ、住民税は別に判定されます。 所得税がゼロでも、住民税の所得割を納めている場合は申告することで翌年度の住民税が下がる可能性があります。所得税が出ないから無意味、と決めつけないでください。

ここで注意したいのが「総所得金額等」という言葉です。 これは収入そのものではなく、給与収入なら給与所得控除を、公的年金なら公的年金等控除を差し引いた後の金額です。給与収入200万円の人は総所得金額等が132万円程度になるため、判定は「200万円未満」側になります。収入で判定すると誤ります。

【合算】家族の医療費を足せる範囲

医療費控除は、本人が支払った、生計を一にする配偶者・親族の医療費を合算できます。ここが「10万円の壁」を越える最も現実的な方法です。

国税庁は「生計を一にする」について、必ずしも同居を要件としないとしています。次のような場合も含まれます。

• 単身赴任している配偶者の医療費
• 進学で下宿している子どもの医療費
• 別居している親に生活費や療養費を送金している場合の、その親の医療費

「扶養に入っているかどうか」は条件ではありません。共働きで配偶者を扶養に入れていなくても、生計が一であれば合算できます。

誰の申告にまとめるべきか

家族の中で誰が申告するかで、戻る金額が変わります。判断の軸は2つあります。

例で見ます。夫の課税所得500万円（税率20%）、妻の総所得金額等150万円（税率5%）、家族の年間医療費が15万円のケース。

• 夫にまとめる … 15万円 − 10万円 = 5万円が控除額。所得税の還付は5万円×20% = 1万円
• 妻にまとめる … 15万円 − 7万5,000円 = 7万5,000円が控除額。所得税の還付は7万5,000円×5% = 3,750円

この場合は夫にまとめたほうが有利です。逆に医療費が9万円しかない場合、夫は控除額0円ですが、妻なら1万5,000円の控除が生じます。医療費の総額が10万円前後のときだけ、低所得側にまとめる意味が出てきます。

★注意: 医療費控除の対象になるのは「実際に支払った人」の申告です。妻名義の口座から引き落とされた医療費を夫の申告に含める、という形式的な問題は生じにくいものの、生計が一であることが前提です。生計が別の親族の医療費は合算できません。

【判断1】どこまでが「医療費」か — 対象になるもの・ならないもの

金額の計算の前に、そもそも足せる支出かどうかを確認します。国税庁は「一般的に支出される水準を著しく超えない部分」を対象としています。

対象になるもの

• 医師・歯科医師による診療費、治療費
• 治療のために処方された医薬品の代金、治療のために買った市販薬
• 入院費、入院中の食事代（病院が提供するもの）
• あん摩マッサージ指圧師・はり師・きゅう師・柔道整復師による施術費（治療のためのもの）
• 保健師・看護師・准看護師による療養上の世話の対価、付添いを頼んだ場合の付添料
• 通院のための公共交通機関の交通費（電車・バス）
• 義手・義足・松葉づえ・補聴器・義歯、治療のために医師の指示で作った眼鏡
• 6か月以上寝たきりで医師の証明がある場合のおむつ代
• 子どもの発育を阻害しないための歯列矯正

対象にならないもの

• 健康診断・人間ドックの費用（ただし、その結果病気が見つかり治療を受けた場合は対象になります）
• 予防のための医薬品・ビタミン剤・健康食品
• 医師や看護師への謝礼
• タクシー代（公共交通機関が使えない事情がある場合を除く）
• 自家用車のガソリン代・駐車場代
• 治療目的でないマッサージ、疲れを癒すための施術
• 家族に付添いを頼んで支払ったお金
• 差額ベッド代（自己都合で個室を選んだ場合）
• 入院中に外部から取り寄せた食事、出前
• 入院に備えて買ったパジャマ・洗面具
• 美容目的の歯列矯正、歯科ローンの金利・手数料
• 医療保険が適用されない診断書の作成料

判断に迷いやすいのは「通院交通費」です。電車・バス代は領収書が出ないため、家計簿やメモに日付・行き先・金額を記録しておく必要があります。 国税庁も、通院費は家計簿などに記録して実際にかかった額を明らかにするよう求めています。

【選択】セルフメディケーション税制 — 1万2,000円から使えるもう一つの道

医療費が10万円に届かない人向けに、もう一つの選択肢があります。セルフメディケーション税制です。

「一定の取組」として国税庁が挙げているのは次のものです。その年に、いずれか1つを受けていれば足ります。

1. 保険者（健康保険組合・市区町村国保等）が実施する健康診査（人間ドック、各種健診）
2. 市区町村が実施する健康診査（生活習慣病検診など）
3. 予防接種（定期接種、インフルエンザワクチンの予防接種）
4. 勤務先で実施する定期健康診断
5. 特定健康診査（メタボ健診）、特定保健指導
6. 市町村が実施するがん検診

会社の健康診断を受けているだけで条件を満たします。 これを知らずに諦めている方がかなりいます。

対象になる医薬品には、レシートに対象商品である旨の表示があるものが多く、また商品パッケージに識別マークが付いているものもあります。かぜ薬・鼻炎薬・胃腸薬・鎮痛剤など、ドラッグストアで日常的に買う薬に多く含まれます。

どちらを選ぶべきか

同じ年に両方を使うことはできません。 判断は単純です。

例: 総所得金額等250万円の人が、家族の医療費11万円（うち対象医薬品5万円）を支払った場合。

• 医療費控除 … 11万円 − 10万円 = 1万円
• セルフメディケーション税制 … 5万円 − 1万2,000円 = 3万8,000円

この場合はセルフメディケーション税制のほうが有利です。医療費が10万円をわずかに超えたときほど、逆転が起きます。

★ここが最大の落とし穴です。 国税庁は、セルフメディケーション税制を適用した場合、修正申告や更正の請求で通常の医療費控除に変更することはできないとしています。逆も同じです。有利不利の試算は、申告書を出す前に必ず済ませてください。あとから選び直すことはできません。

併用できるか — 他の制度との関係

医療費控除は所得控除なので、他の制度との関係が気になるところです。整理します。

ふるさと納税をしている方は特に注意してください。 ワンストップ特例は「確定申告をしないこと」が前提の仕組みです。医療費控除のために確定申告をすると、それまでに出したワンストップ特例の申請はすべて無効になります。確定申告書に寄附金控除を書き忘れると、ふるさと納税分の控除がまるごと消えます。

申請の流れ（共通）

医療費控除は年末調整では受けられません。 会社員でも確定申告が必要です。

1. 1年分の領収書・レシートを集める（1月1日〜12月31日に支払ったもの）
2. 家族分をまとめ、人ごと・医療機関ごとに集計する
3. 保険金・高額療養費・助成金で補填された金額を確認する
4. 医療費控除の明細書を作成する（医療費通知を添付すれば、その分は明細の記入を省略できます）
5. 確定申告書に医療費控除額を記載し、明細書を添付して提出する
6. 領収書は5年間、自宅で保存する（提出は不要ですが、税務署から求められたら提示します）

明細書の書き方、e-Tax、マイナポータル連携での自動入力など、手続きの詳細は医療費控除のやり方で解説しています。

控除が取れない・あとで直すことになる要因

申告したのに効果がなかった、あるいは修正が必要になった、という事例には型があります。

控除額が0円になる

• 足切り額に届いていない。医療費が総額で10万円（または総所得金額等の5%）を超えていない
• 保険金を差し引いたら足切りを下回った。総額では超えていても、高額療養費や入院給付金を引くと残らない
• 対象外の支出を数えていた。人間ドック代・予防接種代・ビタミン剤・自家用車のガソリン代を含めていた

還付が生じない

• そもそも所得税を納めていない。源泉徴収票の「源泉徴収税額」が0円なら、所得税の還付は生じません（住民税は下がる可能性があります）
• 住宅ローン控除ですでに所得税が0円になっている。医療費控除を足しても引く税金が残っていません

あとで修正・返還になる

• 保険金の見込み額と実際の額が違った。国税庁は、確定申告時点で補填額が確定していない場合は見込み額で計算し、後に異なることが分かったら修正申告または更正の請求をするとしています
• 領収書を捨ててしまった。5年間の保存義務があります。税務署から確認を求められて出せないと、控除が否認されることがあります
• 同じ医療費を家族2人の申告に入れた。合算できるのは1人の申告にだけです
• セルフメディケーション税制を選んだあとで医療費控除に変えたくなった。これは修正申告でも更正の請求でも変更できません

★特に多いのが、支払った年を間違えるケースです。 医療費控除は「支払った年」で判定します。12月に診療を受けても、支払いが翌年1月なら翌年分です。国税庁も、治療中に年が変わるときは、それぞれの年に支払った額が各年分の対象になるとしています。年をまたぐ支払いの扱いは医療費控除はいつまでで詳しく整理しています。

よくある質問

免責事項: 本記事の内容は2026年9月時点で確認できた国税庁・総務省の公式ページの情報にもとづきます。控除額の基準・税率・特例の適用期限は税制改正により変更される場合があるため、申告前に必ず国税庁のタックスアンサーまたは所轄の税務署で最新の内容をご確認ください。個別の税額計算については税理士にご相談ください。

出典（一次情報）

• 国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
• 国税庁「No.1120 医療費控除に関するQ&A」
• 国税庁「No.1122 医療費控除の対象となる医療費」
• 国税庁「No.1124 医療費控除の対象となる出産費用の具体例」
• 国税庁「No.1126 医療費控除の対象となる入院費用の具体例」
• 国税庁「No.1128 医療費控除の対象となる歯の治療費」
• 国税庁「No.1129 特定一般用医薬品等購入費を支払ったとき（セルフメディケーション税制）」
• 国税庁「No.1180 扶養控除」
• 国税庁「No.2260 所得税の税率」
• 国税庁「医療費控除を受ける方へ（令和7年分 確定申告特集）」
• 総務省「個人住民税」