医療費控除の還付金はいつ振り込まれる？確定申告後の入金時期とe-Taxの場合

医療費控除の還付金は、自宅などからe-Taxで提出すれば3週間程度で処理されます。2月・3月の確定申告期間中は申告書が大量に出るため、還付金の支払手続全体では1か月から1か月半かかる、というのが国税庁の示す目安です。申告の期限は「いつまで」と聞かれれば、その年の翌年1月1日から5年間で、2026年中に出せるのは2021年（令和3年）分までになります。

日数の出どころは、国税庁の「確定申告期に多いお問合せ事項Q&A」のQ41です。上位の解説記事には書面なら1〜2か月と書くものもありますが、その数字は国税庁のページにはありませんでした。この記事では国税庁とe-Taxの公式ページに書かれている数字だけを使い、振り込まれる時期、振込日を自分で確かめる方法、住民税が下がる時期の順に整理します。

戻ってくる金額の計算は医療費控除はいくら戻る？、申告書の作り方は医療費控除のやり方で扱っています。

医療費控除の還付金はいつ振り込まれる？国税庁の目安

国税庁のQ41「還付金はどのくらいで還付されるのですか」には、次のように書かれています。

特に、２月・３月の所得税及び復興特別所得税（以下このページ内において「所得税等」といいます。）と消費税及び地方消費税の確定申告期間中は、大量の申告書が提出される時期ですので、還付金の支払手続にはおおむね１か月から１か月半程度の期間を要することをご理解ください。 ※　自宅や税理士事務所等からe-Tax（電子申告）で提出された還付申告は３週間程度で処理しています。

表にするとこうなります。

Q41の「3週間程度」は、2月・3月の段落に付いた注記です。e-Taxで出した還付申告は、混み合う時期でも3週間程度で処理するという意味に読めます。書面で出した人は、1か月から1か月半の側に入ると見ておくのが無理のない読み方です。

医療費控除の申告は、ほとんどが納めすぎた所得税を返してもらう「還付申告」です。国税庁 No.2030 は、医療費控除を受ける給与所得者を還付申告ができる例の1つに挙げています。

e-Taxでも3週間にならない場合

Q41には続きがあり、e-Taxで出しても3週間で処理されない場合が書かれています。

ただし、訂正申告など同一人について複数回の申告がある場合や、書類不備、書面による別送書類の提出がある場合には、e-Taxで提出した場合であっても、３週間程度での還付処理の対象外となります。

当てはまるのは次の3つです。

• 一度出した申告を訂正するなど、同じ年分の申告を2回以上出している
• 申告書や添付書類に不備がある
• e-Taxで送ったあと、紙の書類を税務署へ別に送っている

医療費控除の明細書はe-Taxの画面で作って送れます。紙の書類を別送しないで済むように、領収書の束ではなく明細書の入力で完結させるのが3週間の対象に入る近道です。

書面で出した場合

紙の申告書を郵送したり税務署に持ち込んだりした場合の日数を、国税庁ははっきり書いていません。ヒントになるのはe-Taxの「還付金処理状況確認について」のページで、処理状況が確認できるようになる時期が「e-Taxで還付申告を行ってから、２週間程度経過した日」に対し「書面で還付申告を行ってから、１か月程度経過した日」とされています。書面のほうが確認できるまでに2週間ほど長くかかる運用なので、振込も3週間より遅くなると見ておくのが無理のない読み方です。

提出した時期別の入金の目安

国税庁の日数をカレンダーに置き直すと、だいたい次のようになります。e-Taxのよくある質問には、税務署の支払手続日から実際の入金までに「金融機関の休日を除き４、５日程度要する場合があります」とあるので、その分も見込んでいます。

この表は国税庁が出しているものではありません。Q41とe-Taxのよくある質問に書かれた日数から編集部が出した目安です。申告の中身に確認が入れば、どの時期でも遅くなります。

書面で出す人が2月・3月に重なると、1か月から1か月半を見込む必要があります。e-Taxで出す人は、同じ時期でも3週間程度がQ41の目安です。ただし申告期間中は税務署が混み合うので、余裕をみたい人は1月中に出すのが確実で、編集部もこれを勧めます。

医療費控除はいつまで申告できる？5年さかのぼれる期限

医療費控除だけを受けるための還付申告は、確定申告期間とは関係なく、その年の翌年1月1日から5年間出せます。国税庁 No.2030 の「申告等の期限」の欄にも「その年の翌年1月1日から5年間」とあります。

年分ごとの期限を並べると次のとおりです。

「確定申告 医療費控除 いつまで 2021」と調べた人への答えは、2021年分は2026年12月31日までです。過去の分を出す場合も、e-Taxで出せば日数の目安は3週間程度です。申告期間を外した時期なら、2月・3月の混雑も避けられます。

3月15日までに出さないといけない人

5年の猶予があるのは、本来は確定申告をしなくてよい人が還付を受けるために出す申告です。国税庁 No.2020 は、確定申告の期間を「原則として、その年の翌年2月16日から3月15日まで」、期限を「原則として、その年の翌年3月15日」としています。事業所得や副業の所得があって確定申告が必要な人は、医療費控除を含めた申告を3月15日までに出してください。

また No.2030 は、青色申告特別控除（55万円・65万円）のように法定申告期限までの提出が条件になっている特例を使う場合は、還付申告であっても法定申告期限までに出す必要があるとしています。

期限の考え方や過去の分のまとめ方は医療費控除はいつまで？5年さかのぼれる期限の話で詳しく扱っています。

還付申告はいつから出せる？1月1日から受け付ける

医療費控除だけの還付申告は、その年の翌年1月1日から出せます。2月16日の確定申告期間の始まりを待つ必要はありません。2026年分なら2027年1月1日からです。

1月に出す利点は、Q41が「大量の申告書が提出される時期」とする２月・３月の確定申告期間に入らないことです。e-Taxなら3週間程度の目安は同じですが、混み合う時期を避けるぶん、目安どおりに進みやすいと考えられます。書面で出す人は、1月に出せば1か月から1か月半の側に入らずに済みます。

1月に出すには、勤務先からの源泉徴収票が手元に要ります。国税庁 No.1120 によると、源泉徴収票は申告書への添付や提示は不要になりましたが、申告書を作るときには引き続き必要です。年末調整後に源泉徴収票を受け取ったら、そのまま作り始められます。

医療費の金額をマイナポータルから取り込む場合は、前の年1年分の医療費のデータがそろう時期に注意が要ります。取り込める時期は医療費控除のマイナポータル連携で扱っています。1月中に出したい人は、取り込みを待たずに領収書から明細書を作るか、取り込める時期を待って2月上旬に出すかを選ぶことになります。

還付金がいつ振り込まれるかを確かめる方法

振込の予定日は、e-Taxの「還付金処理状況」で自分で確かめられます。税務署に電話をする前に、まずここを見てください。

確認できるようになる時期

提出した直後は表示されません。e-Taxの「還付金処理状況確認について」に、確認できるようになる時期が書かれています。

・e-Taxで還付申告を行ってから、２週間程度経過した日 ・書面で還付申告を行ってから、１か月程度経過した日 ・還付申請を提出してから、２か月程度経過した日

医療費控除は還付申告なので、e-Taxなら2週間、書面なら1か月が目安です。e-Taxで出して10日しか経っていないなら、画面に出てこなくても異常ではありません。

確認の手順

国税庁のQ40に、確認の手順が4段階で示されています。

1. 「e-Taxソフト（WEB版）」にログインする
2. 「マイページ」ボタンを選ぶ
3. 「本人情報設定」の「還付・納税関係」ボタンを選ぶ
4. 「還付先金融機関」の「還付金処理状況を確認する」ボタンを選ぶ

つまずきやすい点が3つあります。

• 書面で提出した人も、利用者識別番号を持っていれば確認できます
• 確認できるのは「e-Taxソフト（WEB版）」です。Q40の注には、WEB版ではない「e-Taxソフト」からは確認できないと書かれています。パソコンに入れて使う版のe-Taxソフトでは見られません
• e-Taxにメールアドレスを登録しておくと、確認できるようになったときと処理が進んだときにメールが届きます

画面に出る3つの段階

e-Taxのページによると、税務署の処理は次の3段階で進み、それぞれ決まった文が表示されます。

3つ目の「支払手続完了」になると、支払手続日が表示されます。e-Taxのよくある質問によると、支払手続日は「税務署が支払手続を行う予定日」で、実際の入金までに「金融機関の休日を除き４、５日程度要する場合があります」とされています。支払手続日が月曜日なら、入金は同じ週の後半から翌週の初めごろになる計算です。

処理状況は「１日１回、夜間に処理状況が更新されます。」とされています。昼間に何度も見直しても表示は変わらないので、1日1回、朝に見れば足ります。表示は最後に更新されてから1か月を経過する日まで確認できます。

申告のときと違う金融機関が表示されたら

e-Taxのページには、受取金融機関が未入力だったり入力に誤りがあったりした場合に、確認が終わるまで「過去に支払事績等のある金融機関の情報が表示される場合があります」と書かれています。よくある誤りの例として挙げられているのは、プルダウンで選ぶ「銀行」「支店」などの文字まで入力してしまったものと、漢字の金融機関名を平仮名で入力したものです。振込先の内容に誤りがある場合は、処理状況の画面の連絡先欄に表示されている税務署へ連絡します。

還付金の額はいつわかる？

還付される所得税の額は、申告書を作った時点でわかります。確定申告書等作成コーナーで医療費控除を入力すると、申告書に還付される税額が計算されて表示されます。税務署の確認で金額が変わらなければ、その額がそのまま振り込まれます。おおよその額は、医療費控除の額にその人の所得税の税率を掛けると見当がつきます。国税庁 No.2260 によると、所得税の税率は「5パーセントから45パーセントの7段階」です。税率5%の人が医療費控除10万円を受けると、所得税の還付は復興特別所得税を除いて約5,000円になります。

振り込まれた額は「国税還付金振込通知書」で確かめられます。書面の場合ははがきで届きます。e-Taxで還付申告を送る人は、希望すれば書面に代えて令和5年6月以降はe-Taxの「通知書等一覧」でも受け取れます。確定申告書等作成コーナーをマイナンバーカード方式で使うと、この電子通知の希望が最初から選ばれた状態になっています。ID・パスワード方式で申告した人は電子通知を使えません。

処理状況の画面に還付予定金額が出るのは、税務署の支払手続が終わってからです。e-Taxのよくある質問は、額が表示されない場合について「支払手続が終わるまでお待ちください。」と答えています。

還付金が振り込まれない・遅いときの原因と対処

振込が目安より遅れる原因は、国税庁とe-Taxのページから次のように読み取れます。

• 2月・3月の確定申告期間中に出した（Q41は支払手続に1か月から1か月半を見込むよう求めている）
• 書面で出した（処理状況の確認も1か月後から）
• 同じ年分の申告を2回以上出している、または紙の書類を別送している（Q41で3週間の対象外）
• 申告書や医療費控除の明細書に不備があり、税務署が中身を確かめている
• 受取口座の名義や番号が誤っている、屋号付きの名義になっている、振込のできないインターネット専用銀行を指定した

医療費控除については、国税庁 No.1120 が「医療費控除の明細書の記載内容を確認するため、確定申告期限等から5年を経過する日までの間、医療費の領収書（医療費通知を添付したものを除きます。）の提示または提出を求める場合があります。」と書いています。税務署から電話や文書で領収書の提示を求められることがあり、これに応じるまで処理は進みません。連絡が来たら早めに対応してください。領収書は5年間とっておく必要があります。

問い合わせる目安

e-Taxで出して2週間、書面で出して1か月が経っても処理状況が表示されない場合や、支払手続日が出たのに1週間ほど経っても入金がない場合は、所轄の税務署に問い合わせます。申告した年分、提出した日、提出の方法（e-Taxか書面か）、e-Taxの利用者識別番号を手元にそろえておくと話が早く進みます。

申告期間中は税務署の電話がつながりにくくなります。編集部としては、先に処理状況の画面で「どの段階で止まっているか」を見てから電話することを勧めます。「申告書の内容を確認しています。」のまま長く動かないなら中身の確認、「振込先の確認」で止まっているなら口座の問題、と見当がつきます。

受取口座の注意とゆうちょ窓口での受取

還付金の受け取り方は、預貯金口座への振込と、ゆうちょ銀行の店舗や郵便局の窓口で受け取る方法の2つで、国税庁のQ42に書かれています。公金受取口座を登録している人は、令和5年1月から公金受取口座への振込も指定できます。

振込を選ぶ場合、国税庁のQ43・Q44と口座振込のパンフレットに次の注意があります。

• 口座の名義は申告者本人の名義に限られます。家族名義の口座には振り込めません
• 口座名義に店名や事務所名などの屋号が含まれる場合は振り込めません
• 一部のインターネット専用銀行には振り込めません。使えるかどうかは、その銀行に先に確かめます
• ゆうちょ銀行の口座は、5桁の「記号」と2〜8桁の「番号」をつなげた記号番号を書きます。他の金融機関から振り込むときの「店名（店番）」と「口座番号」は書きません。通帳を再発行したときの「－2」などの枝番も書きません

Q45によると、公金受取口座を使う場合は申告書の「公金受取口座の利用」欄に丸印を付けます。マイナンバーが正しく書かれていないと使えません。また、同じ申告書で「公金受取口座登録の同意」と「公金受取口座の利用」の両方に丸印を付けることはできないとQ46に書かれています。申告で初めて登録する場合は、その申告の還付金は書いた口座に振り込まれる形になります。

受取方法を指定しなかった場合、税務署が確認したうえで、過去に指定した振込先などに振り込むことがあるとQ42の注にあります。何年も前の口座が残っている人は、解約していないか見ておくと安心です。

住民税はいつ下がる？翌年6月以降

医療費控除は所得税だけでなく個人住民税にも効きます。ただし住民税の分は振り込まれず、翌年度の住民税の額が下がる形で戻ってきます。

総務省の「地方税制度｜個人住民税」によると、住民税の所得割の税率は10%で、前年の1月1日から12月31日までの所得で計算されます。医療費控除の額が10万円なら、住民税はおよそ1万円下がる計算です。

会社員の住民税は、相模原市の案内によると「税額を6月から翌年5月までの最大年12回に分け」て給与から差し引かれます。これを特別徴収といいます。2026年分の医療費控除を2027年2月に申告した場合、下がった住民税が給与の天引きに出てくるのは2027年6月分からです。自営業などで納税通知書を使って納める人（普通徴収）は、納期限が6月・8月・10月・翌年1月の各末日なので、6月ごろに届く通知書の額が下がります。

過去の年分を5年さかのぼって申告した場合、その年度の住民税はもう払い終わっています。この場合の住民税の扱い（払いすぎた分が戻るか、どう戻るか）はお住まいの市区町村が決めるので、市区町村の住民税の担当課で確かめてください。この点の手続きを全国共通で書いた国の資料は見つけられませんでした。

住民税のために別の申告をする必要は、基本的にありません。相模原市の案内でも、市・県民税の申告をしなくてよい人に「所得税の確定申告をした人」が挙げられています。

申告したあとで金額を直すとき

申告したあとに医療費の入れ忘れに気づいたり、保険金の額が変わったりした場合は、還付金の時期とは別の手続きになります。

更正の請求の期限は、国税庁 No.2030 の注意事項に「更正の請求ができる期間は、原則として還付申告書を提出した日から5年以内です。」とあります。

保険金について、国税庁 No.1126 は「医療費を補てんする金額が確定申告書の提出までに確定していない場合は、その補てんされる金額の見込額を支払った医療費から差し引きます。」としたうえで、確定額が見込額と違ったときは「修正申告または更正の請求の手続により訂正してください。」と案内しています。

一つだけやり直しがきかないのが、セルフメディケーション税制と通常の医療費控除の選択です。国税庁 No.1129 は「これらのいずれかの適用を選択した後、更正の請求や修正申告によりこの選択を変更することはできません。」としています。市販薬の購入費が多い年は、申告前にどちらが有利かを比べてください。比べ方は医療費控除とサプリメントで扱っています。

会社員でも確定申告が要る・還付がない人もいる

医療費控除は年末調整では受けられないので、会社員も自分で還付申告を出します。国税庁 No.2030 は、給与所得者が還付申告をできる例として「多額の医療費を支出したとき（医療費控除）」を挙げています。

一方で、申告しても還付金が出ない人もいます。No.2030 は「源泉徴収された所得税額や予定納税をした所得税額がない方(例えば、給与の源泉徴収票の「源泉徴収票」欄が「0」と記載されている方)は、申告しても還付される所得税額はありません。」としています。源泉徴収票の源泉徴収税額が0円の人は、医療費控除を申告しても所得税は戻りません。

医療費控除を受けられる額の条件は、支払った医療費から保険金などで補てんされる額を引き、さらに10万円（総所得金額等が200万円未満の人はその5%）を引いた額で、国税庁 No.1120 によると上限は200万円です。10万円の線の考え方は医療費控除はいくらから？で詳しく扱っています。

還付を早く受け取るためにできること

国税庁とe-Taxのページに書かれていることから逆算すると、早く受け取るためにできることは次のとおりです。

1. 1月中に出す。2月・3月の確定申告期間に入ると、支払手続の目安が1か月から1か月半になります
2. e-Taxで出す。3週間程度の目安は「自宅や税理士事務所等からe-Tax（電子申告）で提出された還付申告」についてのものです。書面にはこの目安がありません
3. 紙の書類を別送しない。医療費控除の明細書はe-Taxの画面で作って送ります
4. 1回で正しく出す。訂正のために同じ年分を出し直すと、3週間の対象から外れます
5. 受取口座を正しく書く。本人名義で、屋号の入らない口座にします。公金受取口座を登録済みなら、それを指定すると番号の書き間違いが起きません

急ぐあまり明細書の記入を省くと、税務署からの確認が入ってかえって遅くなります。医療費の明細は、病院や薬局ごとにまとめて正確に入れるのが結局いちばんの近道です。

よくある質問

免責事項: 本記事の内容は2026年10月時点で確認できた国税庁・e-Tax・総務省・相模原市の公表資料にもとづきます。記載している日数は国税庁が示す目安と、そこから編集部が出した目安で、実際の処理期間は申告の内容・提出の時期・税務署の状況によって変わります。振込がない場合は所轄の税務署へお問い合わせください。

出典（一次情報）

• 国税庁「確定申告期に多いお問合せ事項Q&A【税金の還付】」
• 国税庁「No.2030 還付申告」
• 国税庁「No.2020 確定申告」
• 国税庁「No.2260 所得税の税率」
• 国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」
• 国税庁「No.1126 医療費控除の対象となる医療費（保険金などで補てんされる金額）」
• 国税庁「No.1129 セルフメディケーション税制」
• 国税庁「国税還付金の受取りは、口座振込をご利用ください」（PDF）
• e-Tax「還付金処理状況確認について」
• e-Tax「『還付金処理状況確認』についてよくある質問」
• e-Tax よくある質問「処理状況は確認できるのですが、還付金の支払われる日が表示されないのはなぜですか。」
• e-Tax よくある質問「処理状況は、どのように更新されますか。」
• e-Tax よくある質問「処理状況は確認できるのですが、還付金の額が表示されないのはなぜですか。」
• e-Tax「還付金の振込等に係る電子通知について」
• 総務省「地方税制度｜個人住民税」
• 総務省「ふるさと納税ワンストップ特例制度」
• 相模原市「市・県民税（住民税）の申告と納付」