この補助金に、いまから申請できるのか。申請期間は2026年9月30日で終わっています。医療費助成の受給者証をオンラインで取得するだけの改修は、予算の上限に達して受付が終わりました。
診療所と病院がマイナ診察券の改修を組み合わせる形（②③）は、厚生労働省のページに「引き続き申請を受け付けております」とあります。ただし日付の記載がなく、9月30日を過ぎた今も出せるかは公式の文書で確認できません。まだ申請していない場合は、オンライン資格確認等コールセンター（0800-080-4583）に先に聞いてください。
医療機関・薬局向けシステム改修補助金の要点まとめ
正式名：医療機関・薬局向けシステム改修補助金（医療費助成の受給者証・診察券のマイナンバーカード一体化）
だれが
- 申請者
- 事業者（病院・診療所・薬局）
- 対象業種
- 医療業（病院・診療所・薬局）
- 利用目的
- 医療費助成の受給者証・マイナ診察券に対応するレセコンの改修
- 対象地域
- 全国
- 従業員数
- 公式ページに記載なし（コールセンターへお問い合わせください）
いくら
- 補助上限額
- 病院は最大60万円（診療所・薬局は最大5.4万円、大型チェーン薬局は3.6万円）
- 補助率
- 病院は事業費の1/2、診療所と一般の薬局は3/4（千円未満切捨て）
いつ・どこへ
- 申請受付
- 2026年5月15日〜2026年9月30日（終了。一部の改修は継続の記載あり）
自分の医院・薬局は対象だったのか
レセコンとは、診療報酬の請求を作る医事会計のコンピュータ（レセプトコンピュータ）のことです。次の3つに当てはまれば、対象の改修でした。
当てはまるものにチェックを入れてください。0 / 3
薬局が対象になるのは、受給者証をオンラインで取る改修だけです。改修を先に終えていても対象です。申請期間より前に改修した場合も対象になると、公式に書かれています。チェックシートは、改修を頼んだベンダー（レセコンの業者）に書いてもらう書類です。
次のどれかに当たると、この補助金では出せません。
- ✕ 訪問看護ステーションは別の支援
- ✕ 薬局のマイナ診察券の改修
- ✕ 受給者証だけの改修（受付終了）
薬局向けのリーフレットには、受給者証をオンラインで取る改修しか載っていません。マイナ診察券の改修は診療所と病院の枠です。訪問看護ステーションと柔整あはき施術所向けの支援は、支払基金（現在の名称は「医療情報基盤・診療報酬審査支払機構」）のページに別の項目として載っています。
施設の種類ごとに、いくら出たのか
補助額は施設の種類と改修の中身で決まります。金額はどれも千円未満が切り捨てです。
| 施設 | 補助額の上限 | 補助率と事業費の上限 |
|---|---|---|
| 診療所 | 5.4万円 | 事業費7.3万円までの3/4 |
| 病院（再来受付機を含まない） | 28.3万円 | 事業費56.6万円までの1/2 |
| 病院（再来受付機を含む） | 60.0万円 | 事業費120万円までの1/2 |
| 薬局（大型チェーン以外） | 5.4万円 | 事業費7.3万円までの3/4 |
| 大型チェーン薬局 | 3.6万円 | 事業費7.3万円までの1/2 |
診療所と病院は、①受給者証をオンラインで取る改修、②その改修とマイナ診察券の受付改修を合わせたもの、③マイナ診察券の受付改修だけ、のどれかを選びます。診療所は3つとも上限が同じ5.4万円です。病院は再来受付機（診察券で受付をする機械）の改修を含むかで上限が変わります。再来受付機は、改修のほかに買ったときのオプション費用も対象です。
計算の例です。
- 診療所の改修が事業費5万円：5万円 × 3/4 ＝ 3.75万円 → 3.7万円（千円未満切捨て）
- 診療所の改修が事業費10万円：10万円 × 3/4 ＝ 7.5万円 → 上限の5.4万円
- 病院が再来受付機を含めて事業費150万円：150万円 × 1/2 ＝ 75万円 → 上限の60.0万円
- 病院が再来受付機を含めず事業費50万円：50万円 × 1/2 ＝ 25万円（上限28.3万円に届かない）
- 一般の薬局の改修が事業費6万円：6万円 × 3/4 ＝ 4.5万円
- 大型チェーン薬局の改修が事業費7.3万円：7.3万円 × 1/2 ＝ 3.65万円 → 3.6万円
事業費が税込か税抜かは、読んだ文書に書かれていません。領収書の金額をそのまま当てはめてよいかは、コールセンターで確かめてください。
何の改修が対象だったのか
対象にならないもの
- 薬局でのマイナ診察券の改修（薬局向けの案内に載っていない）
- 受給者証だけをオンラインで取る改修（受付が終了）
対象になるもの
- 診療所と病院：医療費助成の受給者証の情報をオンラインで取得するレセコンの改修
- 診療所と病院：マイナ診察券で受付をするためのレセコンの改修（病院は再来受付機の改修も）
- 薬局：医療費助成の受給者証の情報をオンラインで取得するレセコンの改修
医療費助成とは、国や自治体が出す医療費の助成（公費負担医療、地方単独医療費助成）のことです。一度改修すれば、参加する自治体や受給者証の種類が増えても追加の改修は要りません。
申請の流れ
- レセコンの改修を、ベンダーに頼む（医療機関・薬局→ベンダー）
- 改修のあとで、領収書・領収書内訳書・チェックシートをそろえる（医療機関・薬局。チェックシートはベンダーが書く）
- 総合ポータルサイトの補助金案内ページから申請する（医療機関・薬局→支払基金の医療機関等向け総合ポータルサイト。2026年9月30日まで）
予算の範囲内で実施する補助金なので、上限に達すると期限の前でも受付が終わります。受給者証と診察券の改修を別の時期にしても、申請は1回にまとめる決まりです。
必要な書類
準備できた 0 / 5
薬局は、様式84の写しか、保険薬局における施設基準届出状況報告書（様式3）の写し、またはそれに準ずる書類のどれかを出します。様式の入手先は厚労省と千葉県のページに明記がなく、詳細は総合ポータルサイトで確かめる、と案内されています。
もらえなくなるのはどんなとき？
- 予算の上限に達した：受給者証だけの改修は、すでに受付が終わっています。期限の前でも終わる、と公式に書かれています
- 申請を2回に分けた：複数回の申請は認められません。受給者証と診察券の改修を別々にしても、申請は1回です
- 期限を過ぎた：リーフレットの期限は2026年9月30日です。診療所と病院の継続受付に期限が書かれていないため、先にコールセンターへ確認してください
- 薬局で書類が足りない：薬局だけ、申請区分確認シートと施設基準の届出書の写しが要ります
よくある質問
申請の受付は、もう終わりましたか？
リーフレットと千葉県のページでは、申請期間は2026年5月15日から9月30日までです。厚生労働省のページには、受給者証のオンライン取得だけの改修は予算の上限で受付を終えた、とあります。診療所と病院の一部の改修は「引き続き」受け付けると書かれていますが、日付がありません。9月30日以降に出せるかは確認できないので、コールセンターで確かめてください。
診療所と病院は、今も申請できますか？
厚生労働省のページには、診療所・病院向けの②（受給者証の取得とマイナ診察券の受付の改修）と③（マイナ診察券の受付の改修）は「引き続き申請を受け付けております」とあります。このページには更新日がなく、リーフレットは9月30日を締切としています。2つが食い違うので、出せるかは断定できません。オンライン資格確認等コールセンターに、改修の内容を伝えて聞くのが確実です。
診療所はいくら補助されますか？
上限は5.4万円で、事業費7.3万円を上限にその3/4が補助されます。受給者証の改修でもマイナ診察券の改修でも上限は同じです。たとえば事業費が5万円なら3.75万円で、千円未満を切り捨てて3.7万円です。事業費が7.3万円以上になると、補助額は5.4万円で止まります。
病院はいくら補助されますか？
再来受付機などの改修を含まない場合は上限28.3万円（事業費56.6万円までの1/2）、含む場合は上限60.0万円（事業費120万円までの1/2）です。再来受付機は、改修のほかに購入時のオプション費用も対象です。受給者証とマイナ診察券の改修を別の時期に行っても、補助額は上の金額になります。事業費が上限を超えた分は、自己負担です。
薬局はいくら補助されますか？
大型チェーン薬局以外は上限5.4万円（事業費7.3万円までの3/4）、大型チェーン薬局は上限3.6万円（事業費7.3万円までの1/2）です。大型チェーン薬局に当たるかどうかの定義は、読んだ文書に書かれていません。申請区分確認シートで区分を出す仕組みなので、自分の薬局がどちらかは総合ポータルサイトで確かめてください。
改修を先に終えていても、申請できますか？
できます。厚生労働省のリーフレットと千葉県のページに、申請期間より前に改修を行った場合も対象になる、と書かれています。条件は、領収書や領収書内訳書など、改修にかかった費用を示す書類がそろっていることです。チェックシートはベンダーに書いてもらうので、改修を頼んだ業者に早めに伝えておくと安心です。
受給者証と診察券の改修を、別々に行ってもいいですか？
別々の時期に行うことはできます。ただし申請は1回にまとめて行う決まりで、複数回の申請は認められません。補助額も、2つを合わせた枠の上限（診療所は5.4万円、病院は60.0万円か28.3万円）までで、足し算にはなりません。2つの改修を別の時期に予定しているなら、領収書が1回の申請にそろう時期をベンダーと決めてください。
診察券を廃止しないと対象になりませんか？
廃止は要件ではありません。リーフレットに「診察券の廃止までは、要件ではありません」と書かれています。つまり診察券をやめるかどうかは補助の条件に入っていません。条件にあたるのは、レセコンの改修（病院は再来受付機などの改修も）を行い、領収書などの書類で費用を示すことです。
必要な書類は何ですか？
診療所と病院は、領収書、領収書内訳書、システム改修に係るチェックシート（ベンダーが記入）の3点です。薬局は、この3点に申請区分確認シートと、調剤基本料の施設基準の届出書添付書類（様式84）の写しなど（様式3の写しや、それに準ずる書類でも可）を足した5点です。詳細は、支払基金の医療機関等向け総合ポータルサイトの補助金案内ページで確かめられます。
申請はどこで行いますか？
支払基金（社会保険診療報酬支払基金）の医療機関等向け総合ポータルサイトの、補助金案内ページから申請します。書類を郵送する方法は、読んだ文書に書かれていません。申請の操作や書類で迷ったときは、オンライン資格確認等コールセンター（通話無料）に、平日8時から18時、土曜は8時から16時（祝日を除く）に電話で聞けます。
訪問看護ステーションや施術所は対象ですか？
この補助金の対象には、書かれていません。厚生労働省の案内は、診療所・病院・薬局向けです。支払基金のページには、訪問看護ステーションと柔整あはき施術所向けの別の支援（マイナ保険証の利用勧奨に対する協力金や、オンライン資格確認の導入支援）が載っています。該当する場合は、施術所等向けのポータルサイトの案内で確かめてください。
マイナ保険証に対応済みのレセコンでも対象になりますか？
この補助金が対象にするのは、医療費助成の受給者証の情報をオンラインで取得する改修と、マイナ診察券で受付をする改修です。マイナ保険証（オンライン資格確認）そのものの導入は、支払基金の別の支援の項目です。マイナ保険証に対応済みかどうかは、この補助金の条件として書かれていません。受給者証やマイナ診察券の改修をまだ行っていないなら、対象の改修に当たるかをベンダーとコールセンターに確かめてください。
