1次公募に間に合わなかったら、もう申請できないのか。できます。2次公募は2026年11月2日から12月15日まで受け付けます（電子申請は17時、郵送は当日消印有効）。ただし商工会・商工会議所に支援機関確認書（様式3）を頼める期限は12月8日で、申請の締切より1週間早く来ます。
補助率は対象経費の2/3以内で、上限は直接被害が200万円、売上減による間接被害が100万円です。1次公募と同じ枠ですが、日付と一部の条件が変わっています。
熊本地震 持続化補助金 災害支援枠（2次公募）の要点まとめ
正式名：小規模事業者持続化補助金＜一般型 災害支援枠（令和8年熊本地震）＞（2次）
だれが
- 申請者
- 小規模事業者（法人・個人事業主・一定の特定非営利活動法人）
- 対象業種
- 業種の指定なし（医療法人・宗教法人などは対象外）
- 利用目的
- 被災した事業の再建（機械装置、修繕、広報、販路開拓など）
- 対象地域
- 熊本県（令和8年熊本地震の被災地域に事業所がある事業者）
- 従業員数
- 商業・サービス業5人以下、宿泊業・娯楽業・製造業その他20人以下
いくら
- 補助上限額
- 直接被害200万円、間接被害（売上減少）100万円
- 補助率
- 2/3以内（一定の要件を満たす事業者は定額）
いつ・どこへ
- 申請受付
- 2026年11月2日〜2026年12月15日
- 事業の完了
- 2028年1月31日まで
1次公募と何が違う？取り違えやすい点
2次公募は、1次公募の記事を読んだ人がそのまま日付だけ読み替えると、いくつかの点でずれます。公募要領で違いが確認できたのは次の6つです。
| 項目 | 1次公募 | 2次公募 |
|---|---|---|
| 申請の受付締切 | 2026年10月16日 | 2026年12月15日 |
| 様式3の発行依頼の締切 | 2026年10月9日 | 2026年12月8日 |
| 間接被害で売上減を見る期間 | 2026年7月〜9月の任意の1か月 | 2026年7月〜11月の任意の1か月 |
| 採択発表の予定 | 2026年11月頃 | 2027年2月頃 |
| 見積書の提出期限 | 2027年9月30日 | 2027年12月31日 |
| 事業の実施期限 | 2027年10月31日 | 2028年1月31日 |
補助率と上限額は1次公募と同じです。1次公募の内容は、別の記事にまとめています。
あわせて読みたい【熊本県】最大200万円！持続化補助金 災害支援枠（熊本地震）の申請のコツ熊本県の小規模事業者が対象です。被災した事業の再建が対象で、上限は直接被害200万円。受付は2026年10月16日まで。対象になる条件と、申請書類の準備手順をまとめました。
取り違えやすい点は、ほかに3つあります。
- 1次公募で採択された事業者は、2次公募に申請できません。公募要領は「過去の公募回で採択された事業者（採択を辞退した事業者を除く）」を対象外としています。
- 間接被害の募集は、3次公募で終わる予定です。売上減少で申請するつもりなら、3次公募までに出す必要があります。
- 1次公募に申請中の事業者が、2次公募にも出せるかどうかは、公募要領に書かれていません。申請中の人は、出す前に事務局へ聞いてください。商工会地区も商工会議所地区も、どちらの地区か分からない場合は03-6634-9307で受け付けています。
通常の小規模事業者持続化補助金（一般型）とも別の枠です。通常枠の内容は小規模事業者持続化補助金の内容と申請のコツにあります。
うちの事業は対象になる？
次の6つにすべて当てはまれば、対象の見込みです。
当てはまるものにチェックを入れてください。0 / 6
事業所は、補助を受けて再建に取り組む店舗・工場・事務所のことです。本店の登記が県内でも、県内に事業所がなければ対象になりません。従業員の上限は、商業・サービス業（宿泊業・娯楽業を除く）が5人以下、宿泊業・娯楽業と製造業その他が20人以下です。
公的書類は、直接被害なら市町村が出す罹災（被災）証明書などです。間接被害は、2026年7月から11月の任意の1か月の売上高が前年同期より20%以上減ったことを、行政機関が証した書面（セーフティネット保証4号の認定書など）で示します。開業から1年1か月たっていない事業者は、地震の直前3か月の月平均売上高と比べます。
次のどれかに当たると対象外です。
- ✕ 被害が在庫や棚卸資産だけ
- ✕ 発災時に開業していない創業予定者
- ✕ 医療法人や社会福祉法人など
- ✕ 系統出荷だけの個人農業者
- ✕ 過去の持続化補助金の報告が未提出
在庫や棚卸資産の損害は、公募要領で「事業用資産の損壊等」に当たらないとされています。開業届を出していても、開業日が申請日より後なら対象外です。
法人などで対象外になるのは、医療法人・社会福祉法人・宗教法人・学校法人・農事組合法人・一般社団法人・公益社団法人・一般財団法人・公益財団法人・協同組合・任意団体と、医師・歯科医師・助産師です。系統出荷は農協などを通す出荷のことで、林業・水産業も同じ扱いです。農作物の加工や料理の提供に必要な経費は対象です。
報告が未提出になりやすいのは、過去の持続化補助金（一般型・コロナ特別対応型・低感染リスク型ビジネス枠・創業型）の様式第14「事業効果及び賃金引上げ等状況報告書」です。提出期限がまだ来ていなければ対象外にはなりません。
いくら戻ってくる？
対象経費の2/3以内です。上限は直接被害が200万円、間接被害が100万円で、上限を超えた分は自己負担になります。補助金は後払いなので、先に全額を支払う資金が要ります。
- 直接被害で、修繕などの対象経費が120万円：120万円 × 2/3 ＝ 80万円
- 直接被害で、対象経費が300万円：300万円 × 2/3 ＝ 200万円（上限にちょうど届く）
- 直接被害で、対象経費が360万円：360万円 × 2/3 ＝ 240万円 → 上限の200万円
- 間接被害で、対象経費が150万円：150万円 × 2/3 ＝ 100万円（上限にちょうど届く）
- 間接被害で、対象経費が240万円：240万円 × 2/3 ＝ 160万円 → 上限の100万円
間接被害の事業者は、経費が150万円を超えても補助額は100万円で止まります。課税事業者は、消費税・地方消費税を除いた金額を対象経費にして申請します。
補助率が定額になる事業者もいます。公募要領は、直接被害の事業者のうち、新型コロナの影響を受け、過去十か年度以内の激甚指定災害でも被害を受けて国等の支援を使った、といった要件をすべて満たす場合としています。定額の対象かどうかは、事業所のある地域の商工会・商工会議所で確かめてください。
何に使える？
線引きの軸は、事業再建につながるかです。壊れたものを元に戻すだけの費用と、再建のために新しく取り組む費用で扱いが分かれます。被災した事業用資産の取替え・買換えは、事業計画の遂行に最低限必要なものなら対象です。
対象にならないもの
- 通常の生産活動のための機械や、単なる取替え更新で再建につながらない機械装置
- パソコン、事務用プリンター、タブレット端末、電話機など、目的外に使えるもの
- 販売している商品の仕入れ、消耗品、名刺、文房具
- 建物の増築・増床など、不動産の取得に当たる費用
- 人件費、役員報酬、謝金、アルバイト代
- 駐車場代、保証金、敷金、通信費、光熱水費
- 補助金の申請書類をつくる費用
対象になるもの
- 機械装置等費（事業再建に必要な機械の導入）
- 修繕費（被災した店舗や機械装置などの修理）
- 広報費（チラシ、看板、広告。上限30万円。単独では申請できません）
- ウェブサイト関連費（ECサイト、予約システムなど。上限30万円。単独では申請できません）
- 展示会等出展費、旅費、新商品開発費、借料
- 設備処分費（死蔵の設備機器の廃棄など。補助対象経費の1/2が上限）
- 委託・外注費（店舗改装やバリアフリー化の工事など）
- 車両購入費（事業に使う車両が被災した場合に限る）
店舗改装は、被災前の状態に戻すなら修繕費、改良や改装が目的なら委託・外注費に分けて計上します。単価50万円（税抜き）以上の機械装置や、外注工事が50万円以上の修繕・改装は、処分制限財産（補助金をもらったあとも売却や廃棄が制限される財産）に当たることがあります。
今回の公募でも、2026年7月28日の発災日以降で交付決定前に行った事業の経費は、適正と認められれば遡って対象になります。見積書や写真などで確認できるものに限ります。通常の持続化補助金は交付決定前の発注が対象外なので、ここが大きく違います。すでに修繕を始めた事業者は、見積書・請求書・工事前後の写真を捨てずに残してください。
申請の流れ
- GビズIDプライムを取る（事業者→デジタル庁のGビズID。電子申請をするなら必須で、取得に数週間かかります）
- 経営計画書（様式2）を作り、支援機関確認書（様式3）を頼む（事業者→事業所のある地域の商工会・商工会議所。12月8日まで）
- 罹災証明書などを受け取る（事業者→市町村。被害を示す公的書類になります）
- 申請書類を事務局に出す（事業者→補助金事務局。12月15日まで。郵送は書類のほかに電子データの媒体も要ります。持参と宅配便は受け付けません）
- 採択の発表を待つ（2027年2月頃の予定。そのあと、経費すべての見積書を2027年12月31日までに出します。出さないと採択取消です）
- 事業をして、支払いまで終える（事業者。2028年1月31日まで）
- 実績報告を出し、補助金額が確定してから請求する（事業者→補助金事務局。事業完了から30日後か、2028年2月10日の早いほうまで）
様式3は、事業者本人が商工会・商工会議所に出向いて頼みます。社外の代理人だけで相談や依頼をすることはできません。発行にあたっては、事業計画の内容や提出書類の過不足を確かめられます。締切の直前では間に合わなくなるおそれがあるので、早めに窓口へ行くことを勧めます。
電子申請の申請先は、公募要領第3版の時点で「調整中」とされています。申請システムの案内は事務局サイトで確かめてください。
必要な書類
準備できた 0 / 9
売上減少の証明書は、間接被害の場合に出します。理由書は車両を買う場合だけです。補助金交付申請書（様式4）は、採択された人の分だけ正式に受け付けます。
決算書は、法人なら直近1期分の貸借対照表と損益計算書です。個人事業主は直近の確定申告書の控えを出します。決算や確定申告をまだ一度もしていない場合は、開業届や売上の台帳など、別の書類に代わります。郵送で出す場合は、応募対象者確認シートと様式1、2、4のほか、該当する様式5〜7の電子データも媒体に入れて送ります。補助率が定額になる事業者は、コロナの影響や過去の災害の被害を示す書類が、住宅宿泊事業者が修繕・改装費を計上するときは民泊の届出書の写しが、それぞれ加わります。
もらえなくなるのはどんなとき？
- 様式3の依頼が12月8日を過ぎた：受付締切以降の発行依頼は、いかなる理由があってもできません。
- 代理人だけで商工会・商工会議所に相談した：社外の代理人だけでは、相談も様式3の依頼もできません。事業者自身が窓口に行きます。
- 第三者の支援を受けたのに様式2に書かなかった：商工会・商工会議所以外のアドバイスを受けたのに、相手と金額を書かないと、虚偽の報告として不採択や交付決定の取消になります。
- 事業者自身が計画を考えていない：自ら検討した記載がない場合や、検討していなかったと判明した場合は、評価に関わらず不採択や取消になります。
- 複数の申請が見つかった：代表者が同じ複数の法人から同じ事業に出すなど、同一事業者の複数応募が分かると、すべて不採択です。採択後に分かった場合も取り消されます。
- 処分制限財産を無断で売った：承認なしに処分すると、交付決定の取消と加算金つきの返還命令の対象です。
よくある質問
1次公募に出していなくても2次公募に申請できますか？
できます。2次公募は2026年11月2日から12月15日まで受け付けます。ただし1次公募で採択された事業者は対象外です。1次に出していない事業者は、この条件に引っかかりません。ほかの要件は1次公募と同じで、熊本県内の被災地域に事業所があること、被害を示す公的書類を出せること、支援機関確認書（様式3）を12月8日までに受けることが必要です。
1次公募で不採択だった場合は、2次公募に出せますか？
公募要領が対象外としているのは、過去の公募回で採択された事業者です。不採択になった事業者を対象外とする記載は、確認した範囲にありませんでした。1次の結果は2026年11月頃に出る予定です。ただし様式3の依頼は12月8日までなので、結果を待つ間に経営計画書を進めておくと間に合います。1次の計画書をそのまま使い回せるかは、公募要領に書かれていません。出す前に事務局へ確かめてください。
申請の締切は12月15日ですか、12月8日ですか？
申請書類の受付締切は12月15日です。12月8日は、商工会・商工会議所に支援機関確認書（様式3）の発行を頼める最終日です。様式3は申請の必須書類なので、実質的な締切は12月8日と考えて動いてください。12月8日を過ぎると、いかなる理由があっても発行依頼はできません。電子申請は12月15日の17時、郵送は当日消印有効です。
在庫が地震で壊れました。直接被害になりますか？
なりません。公募要領は、在庫や棚卸資産の損害は「事業用資産の損壊等」に当たらないとしています。店舗・工場・設備など、事業用資産に被害があれば直接被害で、上限は200万円です。被害が在庫だけの場合は、売上が減っていれば間接被害（上限100万円）で申請できる可能性があります。その場合は、売上減少を行政機関が証した書面が要ります。
間接被害で申請するには何が要りますか？
2026年7月から11月の任意の1か月の売上高が、前年同期より20%以上減っていることを示す、行政機関の書面が要ります。セーフティネット保証4号の認定書や、地方自治体が独自に出した証明書などです。開業から1年1か月たっていない事業者は、地震の直前3か月の月平均売上高と比べます。間接被害の募集は3次公募で終わる予定なので、申請できる回は限られます。
被災した機械を同じものに買い替える費用は出ますか？
出ます。通常の持続化補助金では、単なる取替え更新の機械は対象外です。今回は、損壊等の被害を受けた事業用資産の取替え・買換えなら、事業計画の遂行に最低限必要なものに限って対象です。以前の状況を確かめるため、資産台帳や写真の提出を求められることがあります。被災前の機械の写真や台帳を残しておくと、買い替えの必要性を説明できます。
地震のあとにすでに発注した修繕費は対象になりますか？
対象になる場合があります。通常は交付決定前の発注が対象外ですが、今回の公募では2026年7月28日の発災日以降、交付決定前に行った事業の経費も、適正と認められれば遡って対象です。写真や書類で確認できるものに限ります。見積書、請求書、領収書、工事の前後の写真を残してください。1取引10万円を超える現金払いは認められないため、振込で支払っていることも条件になります。
開業届を出したばかりですが、申請できますか？
2026年7月28日の発災時点で事業を始めていなければ対象外です。開業届を出していても、開業届上の開業日が申請日より後なら対象になりません。発災時点で開業していて、確定申告をまだしていない場合は、開業届の写しと、開業後に売上が出ていることを示す台帳などを出します。確定申告をしている場合は、所得の額に関わらず確定申告書を出します。
商工会地区か商工会議所地区かは、どう分かりますか？
事業所がある地域で決まります。商工会の管轄なら商工会地区、商工会議所の管轄なら商工会議所地区で、問い合わせ先と申請先が違います。商工会地区は地域の商工会、商工会議所地区は03-6633-2478が問い合わせ先です。どちらか分からない場合は03-6634-9307で「管轄地域が分からない」と伝えると案内を受けられます。商工会検索サイトでも確かめられます。
補助金は返さなくていいのですか？
原則として、融資のような返済は要りません。ただし、収益納付で補助金が減る場合があります。補助金で買った車両を移動販売などに使って直接収益を得る場合が例です。単価50万円以上の機械装置や車両、外注して作ったウェブサイト、店舗改装などは処分制限財産に当たり、承認なしに売ると返還を求められます。会計検査院の検査で返還を命じられた場合も、従う必要があります。
採択されたらすぐに補助金が入りますか？
入りません。補助金は後払いです。採択の発表は2027年2月頃の予定で、そのあと見積書を出して交付決定を受けます。交付決定までは、採択発表から概ね1〜2か月かかる場合があると公募要領にあります。事業を終えて支払いまで済ませ、実績報告で補助金の額が確定してから請求します。それまでの費用は、自己資金か借入で立て替えます。
補助金には税金がかかりますか？
かかります。公募要領は、補助金は補助金の額の確定を受けた事業年度の収益として計上するもので、法人税・所得税の課税対象になるとしています。一方で、補助金で固定資産を買った場合には、法人税法や所得税法の圧縮記帳（補助金の分だけ資産の計上額を減らす処理）の規定を使える場合があります。具体的な扱いは、税理士に確かめてください。
